Als Teil des Universitätsspitals Basel erbringt das Institut für Pathologie hoch spezialisierte diagnostische Dienstleistung in der Krankenbetreuung und dient der Qualitätssicherung der klinischen Medizin. Als Teil der Universität deckt das Institut die universitäre Lehre ab und betreibt eine klinisch orientierte Forschung unter Einbezug modernster molekularer Methoden.
Das Institut für Pathologie umfasst die Abteilungen Histopathologie/Autopsie, Zytopathologie, Molekularpathologie und Neuro-/Ophthalmopathologie. Am Institut sind ferner das Knochentumor-Referenzzentrum, das Referenzzentrum für Neurodegeneration und Demenzen sowie das Krebsregister beider Basel beheimatet.